Theo Tổ chức Y tế thế giới tỷ lệ sinh mổ ở nhiều nước phát triển tăng từ 5-7% năm 1970 lên 20-25%.
Ở Trung Quốc tỷ lệ sinh mổ là 46%, Thái Lan 34%, Campuchia 15%. Tỷ lệ sinh mổ ở khu vực y tế công là 44% thấp hơn so với ở bệnh viện tư là 80%. Ở Trung Quốc tỷ lệ sinh mổ ở thành thị cao hơn ở nông thôn, gia đình có thu nhập cao nhiều hơn gia đình có thu nhập thấp (64% so với 11,3%).
    Tại Việt Nam theo báo cáo Bệnh viện Sản phụ Trung ương, tỷ lệ sinh mổ năm 1993 là 23,5%; năm 1998 là 34,9%; năm 2005 là 39,1%. Tỷ lệ sinh mổ ở Bệnh viện Sản phụ Hà Nội năm 2011 là 52%; Bệnh viện Từ Dũ năm 2010 là 48%; Bệnh viện Đại học Y dược Tp. Hồ Chí Minh năm 2011 là 41%; Bệnh viện Hùng Vương năm 2012 là 35%.
Theo GSTS. Nguyễn Công Khanh, trẻ sinh mổ có nhiều nguy cơ bệnh trước mắt và lâu dài, nhất là nhiều bệnh có liên quan đến miễn dịch, chuyển hóa. Nguy cơ bệnh lâu dài liên quan tới chậm cư trú và kém đa dạng của hệ vi khuẩn chí đường ruột, tỷ lệ vi khuẩn có lợi như Bifidobacteria, Lactobacilli ít, tổn hại hệ miễn dịch tự nhiên và thích ứng.
Sự khác biệt cơ bản giữa sinh mổ và sinh thường là điều kiện tiếp xúc đầu tiên của trẻ mới sinh với môi trường bên ngoài tử cung. Sinh mổ được thực hiện ở điều kiện vô khuẩn, sử dụng các thuốc sát khuẩn và kháng khuẩn, trẻ mới sinh không tiếp xúc với vi khuẩn ở đường âm đạo, đường dưới cơ thể mẹ, mà tiếp xúc với vi khuẩn từ môi trường bệnh viện. Sinh thường, trẻ mới sinh tiếp xúc với vi khuẩn ở đường âm đạo người mẹ và môi trường sinh đẻ. Sự khác biệt này ảnh hưởng đến sự hình thành hệ vi khuẩn chí đường ruột của trẻ.
Hệ vi khuẩn chí đường ruột được hình thành rất sớm ngay trong những ngày đầu sau sinh, có vai trò quan trọng đối với đáp ứng miễn dịch sau này, đối với chức năng sinh lý đường ruột, cũng như bảo đảm tính toàn vẹn của hàng rào bảo vệ của đường ruột. Ban đầu, đường ruột thai nhi trong tử cung ở trạng thái vô khuẩn, nhưng ngay sau sinh đường ruột trẻ mới sinh nhiễm nhiều chủng vi khuẩn, hình thành dần hệ vi khuẩn chí đường ruột. Có nhiều yếu tố ảnh hưởng đến sự hình thành, phát triển và thành phần của hệ vi sinh đường ruột, như cách sinh, nuôi dưỡng và môi trường. Cách sinh ảnh hưởng sớm đến sự hình thành và thành phần hệ vi sinh đường ruột. Các điều kiện sinh mổ làm biến đổi hay làm chậm sự cư trú bình thường của hệ vi khuẩn đường ruột trẻ sơ sinh. Tính đa dạng sinh học của hệ vi khuẩn ruột ở trẻ sinh mổ rất kém so với trẻ sinh thường. Sự định cư của vi khuẩn đường ruột ở trẻ sinh thường phụ thuộc vào vi khuẩn ở đường âm đạo, đường tiêu hóa và quanh hậu môn của mẹ; còn ở trẻ sinh mổ phụ thuộc vào môi trường bệnh viện. Một số chủng vi khuẩn có lợi như Bifidobacteria, Lactobacilli, Bacteroides spp giảm, thậm chí không thấy ở hệ vi sinh ruột trong những ngày đầu ở trẻ sinh mổ.  
Ngoài ảnh hưởng tới sự hình thành vi khuẩn chí đường ruột, sinh mổ còn ảnh hưởng tới hệ miễn dịch ban đầu và miễn dịch thích nghi (thu được). Số lượng bạch cầu toàn bộ, bạch cầu trung tính và tế bào diệt tự nhiên ở máu cuốn rốn sau sinh mổ giảm hơn ở trẻ sinh thường.
Cũng theo các chuyên gia, nhiều nguy cơ bệnh xảy ra sớm sau sinh mổ, như chấn thương, rối loạn hô hấp, sinh non, giảm đáp ứng thân nhiệt, rối loạn chuyển hóa, hạ đường huyết, chậm dinh dưỡng, rối loạn tuần hoàn và đáp ứng miễn dịch. Những hiểu biết mới về lập trình sớm từ thời kỳ chu sinh, tình trạng lúc sinh có thể giải thích được các hậu quả lâu dài tới sức khỏe do sinh mổ, đặc biệt là bệnh liên quan đến miễn dịch và chuyển hóa. Mặc dầu còn nhiều cơ chế tiềm ẩn chưa biết hết, song điều chắc chắn là sự cư trú ban đầu của hệ vi khuẩn chí ruột rất quan trọng, ảnh hưởng đến đáp ứng miễn dịch tự nhiên (đáp ứng miễn dịch ban đầu), miễn dịch thích nghi (miễn dịch thu được) và chức năng hàng rào bảo vệ của ruột.
Nhiều nghiên cứu gần đây cho thấy có sự liên quan rõ rệt giữa bệnh dị ứng, mẫn cảm với dị nguyên thức ăn và dị nguyên hít phải và sinh mổ. Tỷ lệ dị ứng thức ăn, dị ứng sữa bò khá cao ở trẻ sinh mổ, tỷ lệ càng cao hơn ở trẻ sinh mổ có tiền sử gia đình bị hen và dị ứng.
Sinh mổ còn ảnh hưởng đến chức năng tiêu hóa của đường ruột, đặc biệt là tiêu chảy. Phân tích 889 trẻ bú sữa mẹ trong 12 tháng đầu đời, Laubereau B. và cộng sự, 2004 cho thấy tỷ lệ tiêu chảy ở trẻ sinh mổ tăng rõ rệt so với trẻ sinh thường (OR: 1,45; Cl 95%: 1,02-2,10), cao nhất trong 4 tháng đầu.
Sinh mổ còn liên quan đến tăng nguy cơ bệnh qua trung gian miễn dịch, chuyển hóa khác, như bệnh đái tháo đường typ 1.
Trong đường ruột các vi khuẩn có lợi như Bifidobacteria và Lactobacilli có vai trò kích hoạt và phát triển hệ miễn dịch đường ruột, có ảnh hưởng đến nguy cơ bệnh có liên quan đến miễn dịch sau này. Trẻ sinh mổ chậm cư trú Bifidobacteria, và vi khuẩn chí đường ruột kém đa dạng, dựa vào hiểu biết đó đã đề xuất các giải pháp can thiệp. Để dự phòng nguy cơ các bệnh dị ứng, cũng như các bệnh liên quan đến miễn dịch, có thể bằng cách bổ sung các sản phẩm probiotics hay prebiotics để tăng cường vi khuẩn có lợi cho vi khuẩn chí đường ruột.
Sữa mẹ là nguồn dinh dưỡng tốt nhất cho trẻ nhỏ, chứa đầy đủ dưỡng chất cần thiết để trẻ phát triển tối ưu. Trong 1 lít sữa mẹ có từ 10-12g oligosaccharide, là một prebiotic tự nhiên nhất, có vai trò làm Bifidobacteria phát triển; 80-90% vi khuẩn trong phân trẻ bú mẹ là Bifidobacteria (Harmsen và cộng sự, 2000). Ngoài ra trong sữa mẹ còn có hiện diện một số vi khuẩn có lợi như B.longum, B.lactis, B.paracassei.
Tường Huân