Cơ cấu tổ chức của Sở Y tế tỉnh Khánh Hòa như sau:

1. Lãnh đạo Sở: có Giám đốc và các Phó Giám đốc theo quy định.

2. Các phòng chuyên môn và tương đương thuộc sở:

2.1. Phòng Tổ chức - Hành chính;

2.2. Phòng Kế hoạch - Tài chính;

2.3. Phòng Pháp chế;

2.4. Phòng Nghiệp vụ Y;

2.5. Phòng Nghiệp vụ Dược;

2.6. Phòng Bảo trợ xã hội.

3. Chi cục trực thuộc (có tư cách pháp nhân, con dấu và tài khoản riêng), gồm:

3.1. Chi cục An toàn vệ sinh thực phẩm;

3.2. Chi cục Dân số.

4. Đơn vị sự nghiệp trực thuộc (có tư cách pháp nhân, con dấu và tài khoản riêng), gồm:

4.1. Bệnh viện Đa khoa Khánh Hòa;

4.2. Bệnh viện Đa khoa Yersin Nha Trang;

4.3. Bệnh viện Đa khoa khu vực Cam Ranh;

4.4. Bệnh viện Đa khoa khu vực Ninh Hòa;

4.5. Bệnh viện Y học cổ truyền và Phục hồi chức năng Khánh Hòa;

4.6. Bệnh viện Phổi Khánh Hòa;

4.7. Bệnh viện Da liễu Khánh Hòa;

4.8. Bệnh viện Chuyên khoa Tâm thần Khánh Hòa;

4.9. Bệnh viện bệnh Nhiệt đới Khánh Hòa;

4.10. Bệnh viện Ung bướu Khánh Hòa;

4.11. Bệnh viện Đa khoa Ninh Thuận;

4.12. Bệnh viện Mắt Ninh Thuận;

4.13. Bệnh viện Phổi Ninh Thuận;

4.14. Bệnh viện Y học cổ truyền và Phục hồi chức năng Ninh Thuận;

4.15. Bệnh viện Da liễu - Tâm thần Ninh Thuận;

4.16. Trung tâm Kiểm soát bệnh tật Khánh Hòa;

4.17. Trung tâm Chăm sóc sức khoẻ sinh sản Khánh Hòa;

4.18. Trung tâm Kiểm nghiệm Khánh Hòa;

4.19. Trung tâm Giám định Y khoa Khánh Hòa;

4.20. Trung tâm Pháp y Khánh Hòa;

4.21. Trung tâm Cấp cứu 115 Khánh Hòa;

4.22. Trung tâm Huyết học - Truyền máu Khánh Hòa;

4.23. Trung tâm Kiểm dịch y tế quốc tế Khánh Hòa;

4.24. Trung tâm Bảo trợ xã hội và Công tác xã hội Khánh Hòa;3

4.25. Trung tâm Bảo trợ xã hội Chăm sóc và Phục hồi chức năng người tâm thần, người rối nhiễu tâm trí Khánh Hòa;

4.26. Trung tâm Công tác xã hội Ninh Thuận;

4.27. Trung tâm Y tế khu vực Ninh Hòa;

4.28. Trung tâm Y tế khu vực Diên Khánh;

4.29. Trung tâm Y tế khu vực Cam Lâm;

4.30. Trung tâm Y tế khu vực Vạn Ninh;

4.31. Trung tâm Y tế khu vực Khánh Vĩnh;

4.32. Trung tâm Y tế khu vực Khánh Sơn;

4.33. Trung tâm Y tế khu vực Bác Ái;

4.34. Trung tâm Y tế khu vực Ninh Sơn;

4.35. Trung tâm Y tế khu vực Thuận Nam;

4.36. Trung tâm Y tế khu vực Ninh Phước;

4.37. Trung tâm Y tế khu vực Ninh Hải;

4.38. Trung tâm Y tế khu vực Thuận Bắc.